一、采集工具
采集浮游植物定量样品的工具有浮游植物采集网和采水器。
将网绑在竹竿或其他竿上，在水中作缓慢的拖动，记下拖动的距离，按网口面积计算出通过采集网的水量。用采集网只能采到大型（网取）浮游植物，而且水量也不能精确测定，因此这种采集方法只能用于定性或粗定量调查，现已很少采用。
目前普遍采用的是各种采水器。在静水湖泊、池塘等水体可用玻璃采水器或改良式北原采水器（有机玻璃采水器）。
在流速较大的河流或其他水体，需用水文测定中用的横式采样器。
二、采水量
可采1000毫升，如用表底层混合水样，则分别在表、底层各采500毫升，加以混合。
最好同时再采一水样，专门供观察鉴定种类用。
三、采样点设置和采样频率
应根据水体的面积、形态特征、工作的条件和要求、浮游植物的生态分布特点等设置采样点和确定采样频率。在水体的中心区、沿岸区、主要进出水口附近必须有代表性的采样点。
采样频率根据工作目的可以1月1-4次，或1季度1次，或春、夏季各1次，或仅夏季1次。
四、采样层次
视水体深浅而定，如水深在3米以内、水团混和良好的水体，可只采表层（0.5米）1个水样；水深3-10米的水体，应至少分别取表层（0.5米）和底层（离底0.5米）两个水样；水深大于10米的深水湖泊和水库，更应增加层次，在上层（有光层）或温跃层以上应层次较密，可每隔1米采样1个，在下层（缺光层）或温跃层以下，可隔2-5米或更大距离采样1个。为了减少工作量，也可采取分层采样，各层等量混合成1个水样的方法。
有些藻类（如蓝藻）常上浮在水表面或有成片、成带分布的情况，在采样时应加以注意。
采样时间应尽量在一天的相近时间，例如在上午的8-10时。
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